În cea de-a doua zi a vizitei, sâmbătă, 8 mai 1999, papa Ioan Paul al II-lea a adus un omagiu unor prelaţi greco-catolici înmormântaţi în Cimitirul Bellu Catolic. Papa Ioan Paul al II-lea s-a oprit, pentru un moment, şi la Cimitirul Eroilor Revoluţiei din Bucureşti, în semn de omagiu adus victimelor din timpul Revoluţiei din decembrie 1989. În jurul prânzului, suveranul pontif a participat la Sfânta Liturghie în Catedrala Sfântul Iosif, celebrată în rit greco-catolic.
În după-amiaza zilei, la Palatul Patriarhiei din Bucureşti a avut loc întâlnirea papei Ioan Paul al II-lea cu patriarhul Teoctist şi cu membrii Sfântului Sinod al Bisericii Ortodoxe Române. După întâlnirea din Aula Palatului Patriarhiei, cei doi înalţi prelaţi au semnat o Declaraţie comună împotriva războiului din Iugoslavia.
