Potrivit New York Times Magazine, guvernul pakistanez, sub preşedinţia lui Pervez Musharraf, şi şeful serviciilor sale secrete, locotenent-general Ashfaq Parvez Kayani, au menţinut protecţia talibanilor, atât pentru controlul numeroaselor grupuri de militanţi instalate în ţară, cât şi pentru a-i utiliza pentru a domina Afganistanul.
Au fost necesari trei ani pentru ca lumea să afle profunzimea relaţiilor Pakistanului cu Al Qaeda, după dezvăluirea locului unde se ascundea Osama bin Laden, teroristul cel mai căutat în lumea întreagă – la câteva sute de metri distanţă de o înaltă academie militară pakistaneză din Abbottabad. Diferitele agenţii de spionaj din Pakistan – ISI, Biroul de informaţii militare – plasează în detenţie preventivă liderii grupurilor militante interzise. Şefii talibanilor care au găsit refugiu în Pakistan după căderea lor în Afganistan, în 2001, trăiau într-un regim mai suplu, cu gărzi proprii.
După raidul Navy Seal asupra casei lui Bin Laden, un responsabil pakistanez declara că SUA aveau dovezi directe că şeful ISI, locotenent-general Ahmed Shuja Pasha, ştia de prezenţa şefului Al Qaeda la Abbottabad. În 2009, Bin Laden s-a dus în zonele tribale din Pakistan pentru a se întâlni cu Qari Saifullah Akhtar, denumit „tatăl jihadului” şi considerat unul din cele mai preţioase atuuri ale ISI. Bin Laden i-a cerut accelerarea recrutării şi formării combatanţilor pentru a lovi americanii în Afganistan. Akhtar este încă liber în Pakistan şi activ în mediile djihadiste şi în gestiunea madraselor – şcoli coranice care sunt o acoperire; în umbră se ascunde ISI.
