Teodor Atanasiu, ministrul Apararii, s-a dovedit a fi o figura stearsa in acest Guvern. Opinia publica nu a retinut din activitatea sa de demnitar decat faptul ca, pe perioada mandatului sau, acesta… s-a casatorit cu secretara sa. Cand s-a intors in tara, Atanasiu a intrat in conflict deschis cu seful Armatei, cerandu-i demiterea. Badalan a iesit invingator in conflictul cu ministrul Apararii, ramanand in functie, deoarece a fost sprijinit de Basescu. Atanasiu nu a putut sa-l demita pe Badalan nici dupa ce presa a scris despre implicarea acestuia in reprimarea Revolutiei din decembrie 1989.
Ministrul Apararii nu a stiut sa gestioneze nici scandalul declansat de scurgerile de informatii militare, reprezentand secrete NATO referitoare la pozitiile de lupta din Afganistan. In aceasta criza au fost arestati si apoi eliberati ziaristii care au detinut informatiile. Criticile la adresa lui Atanasiu au aparut in momentul in care s-a aflat, potrivit unor surse citate de presa, ca serviciile militare aveau cunostinta de mai mult timp de circulatia unui CD cu secrete militare. Ministrul a declansat o ancheta, au fost demise diverse persoane, dar raul fusese deja facut. Pe plan politic, Atanasiu este cunoscut ca primul lider din Alianta care a rupt protocolul de functionare din teritoriu. Acesta, ca presedinte PNL Alba, a intrat in conflict local cu PD, din interese financiare. Astfel, Teodor Atanasiu a cumulat trei bile negre: deficit de imagine generat de promovarea iubitei sale la nivelul Ministerului Apararii (care dupa aceea a fost trimisa sa lucreze la Guvern); nu a reusit sa-l demita pe seful Armatei, Eugen Badalan, o persoana controversata, criticata de revolutionarii din Arad, dar si acuzata de implicare in afaceri dubioase legate de achizitii ale Armatei; nu a gestionat eficient criza scurgerilor de informatii. Ministrul Apararii poate fi apreciat pentru implicarea sa in lupta impotriva coruptiei. Acesta a intocmit un control intern privind modul in care au fost cheltuiti banii din Armata in ultimii bani. Atanasiu a descoperit o serie de nereguli referitoare la achizitii. Acest raport a fost trimis la Parchetul Militar, care a deschis dosare penale mai multor ofiteri de toate rangurile, inclusiv generali. O alta bila alba o reprezinta intocmirea cadrului legal pentru desfiintarea serviciului militar obligatoriu.
Atanasiu a anuntat ca, din 2007, recrutarea nu se va mai face decat pe baza de voluntariat. Armata Romana si-a respectat angajamentele fata de aliatii sai din NATO, soldatii facandu-si datoria in continuare pe campurile de lupta din Irak si Afganistan.
