Biserica „Trisfetitelor“ a fost ridicată de către voievodul Vasile Lupu, urcat pe tron în anul 1634, după un lung şir de domnii nefericite şi de evenimente dramatice. Anii domniei sale (1634-1653) vor însemna prima mare epocă de cultură a Moldovei. În spiritul tradiţiei marilor voievozi muşatini de odinioară, Vasile Lupu i-a inaugurat domnia prin zidirea unei biserici, care avea să fie fără pereche: „Sfinţii Trei Ierarhi“ sau „Trisfetitele“ de la Iaşi.
Biserica a fost ridicată între anii 1637 şi 1639, ca necropolă domnească, reflectând aspiraţia ctitorului spre lumea bizantină, combinând structuri şi forme tradiţionale cu materiale preţioase şi o decoraţie fastuoasă. Mitropolitul Varlaam a sfinţit acest sfânt lăcaş la data de 6 mai 1639, iar doi ani mai târziu aici au fost aşezate moaştele Sfintei Cuvioase Parascheva.
După cum se ştie, astăzi moaştele Sfintei Parascheva se află în Catedrala Mitropolitană din Iaşi, Mânăstirea „Trei Ierarhi“ adăpostind acum racla cu moaştele Sfântului Ierarh Vasile cel Mare, primite în dar de voievodul Vasile Lupu la 1650. Confiscate de autorităţile timpului în 1975, moaştele marelui ierarh au fost readuse la Iaşi pe 28 decembrie 2000.
Deasupra uşii la intrarea din partea sudică a bisericii se află pisania ctitorului Vasile Lupu: „Cu voia Tatălui şi cu ajutorul Fiului şi cu săvârşirea Sfântului Duh, iată eu, robul stăpânului Domnului Dumnezeu şi Mântuitorului nostru Iisus Hristos şi închinator al Treimei, Io, Vasile Voievod, cu mila lui Dumnezeu Domnul Ţării Moldovei, şi cu Doamna noastră Tudosca şi cu dăruiţii de Dumnezeu copii Ioan Voievod şi Maria şi Rucsandra, am zidit această sfântă rugă în numele Sfinţilor Trei Ierarhi Vasile cel Mare, Grigore Teologul şi Ioan Gură de Aur. Şi s-a sfinţit cu mâna Arhiepiscopului Varlaam la 7147, mai 6“.
În cadrul acestei mânăstiri au funcţionat o tipografie şi un colegiu, viitoarea Academie Domnească. În anul 1970 mânăstirea a fost închisă, slujbe fiind oficiate doar de sărbătoarea hramului şi în ziua de 24 ianuarie, sărbătoarea Unirii Principatelor Române. Mânăstirea a fost redeschisă după 1989, la iniţiativa Mitropolitului Moldovei şi Bucovinei de atunci, Daniel, actualul Patriarh.
Concepută ca un ansamblu mânăstiresc tradiţional, Mânăstirea Sfinţii „Trei Ierarhi“ este până astăzi unul dintre cele mai renumite complexuri de artă feudală românească, o capodoperă arhitecturală care nu încetează a uimi vizitatorii din întreaga lume. Actuala înfăţişare a mânăstirii este rezultatul lucrărilor de restaurare realizate de arhitectul André Lecomte de Noüy, desfăşurate în perioada 1882-1904.
Faima monumentului o constituie broderia de piatră a zidurilor exterioare, păstrată în forma originală, în cea mai mare parte.
Ornamentele exterioare, care acoperă edificiul în întregime şi care au fost iniţial aurite, combină elemente turceşti, arabe, georgiene, armene şi persane cu motive arhitecturale româneşti, într-o superbă dantelărie în piatră. Pot fi numărate peste treizeci de registre de motive decorative, care nu se repetă, acestea împodobind biserica de la temelie şi până în vârful turlelor.
Biserica adăposteşte mormântul ctitorului Vasile Lupu şi pe cel al domnitorului Dimitrie Cantemir.
