După aderarea României la UE, marilor aglomerări urbane ar fi trebuit să le fi fost asigurată colectarea corespunzătoare a apelor urbane reziduale până la 31 decembrie 2013 şi tratarea lor corespunzătoare până la 31 decembrie 2015. Cu toate acestea, conform celor mai recente date furnizate de autorităţile române, 189 de mari aglomerări urbane nu sunt încă în conformitate cu obligaţiile de colectare a apelor urbane reziduale în temeiul legislaţiei UE, iar 198 de aglomerări urbane de mari dimensiuni nu respectă obligaţiile de tratare. Dacă România nu ia măsuri în termen de două luni, cazurile pot fi trimise Curţii de Justiţie a UE.
De asemenea, Comisia Europeană solicită Ciprului şi Estoniei să respecte legislaţia UE privind apele urbane reziduale şi să asigure tratarea lor în mod corespunzător. În temeiul legislaţiei UE (Directiva 91/271/CEE a Consiliului), oraşele sunt obligate să instituie infrastructura necesară în scopul de a colecta şi trata apele lor urbane reziduale. Apele reziduale netratate pot pune în pericol sănătatea umană şi poluează lacurile, râurile, solul, apele subterane şi costiere.
Cipru nu a asigurat un sistem de colectare pentru 36 de aglomerări urbane. În aceleaşi zone, autorităţile cipriote nu au asigurat tratarea corespunzătoare a apelor urbane reziduale care intră în sistemele de colectare. În iulie 2017, Comisia a trimis o scrisoare de punere în întârziere. În Estonia, autorităţile mai trebuie să asigure tratarea corespunzătoare a apelor urbane reziduale în opt aglomerări urbane. În decembrie 2016, Comisia a trimis o scrisoare de punere în întârziere. Întrucât în ambele cazuri nu este de aşteptat să se intre în conformitate cu legislaţia UE în viitorul apropiat, Comisia trimite un aviz motivat Ciprului şi Estoniei pentru a impulsiona eforturile lor. Dacă cele două ţări nu iau măsuri în termen de două luni, cazurile pot fi trimise în faţa Curţii de Justiţie a UE.
