Conform unor studii efectuate in urma cu aproximativ 30 de ani, pe teritoriul RBDD s-au inventariat un numar de 148 specii moluste acvatice, din care 66 specii nu au mai fost regasite in ultimii 5 ani, fiind probabil disparute din cauza poluarii. In plus, schimbarile de temperatura din ultimii ani au dus la disparitia a zeci de exemplare de scoici din diferite complexe, pentru unii reprezentanti ai autoritatilor de mediu din judetul Tulcea fenomenul fiind insa unul normal.
Evaluarile efectuate in urma cu aproximativ cinci ani au relevat ca peste 40 de specii de moluste sunt amenintate cu disparitia. O buna parte din acestea se mai gasesc in populatii mici si in zone deosebit de restranse, fie in zonele strict protejate, fie in afara acestora. Unele specii nu s-au mai regasit in ultimii cinci ani, 66 de specii de moluste, 3 specii de pesti, 3 specii de reptile, si exista posibilitatea sa fi disparut din aria RBDD.
Se cunoaste faptul ca teritoriul RBDD, mai ales habitatele acvatice, este afectat de o boala cronica, asa numita eutrofizare (fenomen provocat de neprimenirea apelor din balti si descris de specialisti prin pierderea transparentei apei si a diminuarii vegetatiei acvatice din majoritatea intinderilor lacustre), iar calitatea apei nu se va putea reface decat dupa o actiune energica, de lunga durata si foarte costisitoare, care sa vizeze purificarea apelor poluate provenite din industrie si agricultura, mai ales din zonele aflate in amonte de Delta Dunarii.
In aceasta actiune ar trebui sa se implice toate tarile riverane bazinului dunarean. De aceea este greu de presupus ca o substantiala imbunatatire a calitatii mediului de viata a speciilor salbatice se va produce repede in teritoriul RBDD. Dar masuri de protectie si conservare a speciilor periclitate si de interes ecologic deosebit au fost deja luate.
In continuare insa, din cauza fenomenelor naturale, biodiversitatea RBDD este amenintata, un exemplu in acest sens fiind chiar numeroasele scoici moarte care pot fi observate anual pe suprafata Complexului Matita-Mehei din RBDD. "Am trimis deja o echipa pentru a preleva probe din exemplarele moarte pe care le vom analiza in laboratorul nostru pentru a stabili cauza acestui fenomen. Deocamdata pot spune ca moartea acestor moluste a fost cauzata de temperaturile ridicate si scaderea nivelului apei din bazinele in care apa nu poate circula, deci nu poate fi reimproaspatata. Se intampla anual, mai ales in zonele din nordul RBDD”, spune Costel Ifrim, seful Garzii de Mediu a Administratiei Rezervatiei Biosferei Delta Dunarii.
Scoicile, moluste acvatice, joaca un oarecare rol si in purificarea apelor, fiind destul de sensibile la modificarea parametrilor fizico-chimici ai apei, majoritatea speciilor sunt indicatori valorosi ai calitatii mediului acvatic.
Unele specii de talie mica, precum Dreissena, stau strans fixate pe substraturi tari, chiar pe alte moluste sau pe raci, formand colonii. In general scoicile se hranesc cu namol, din care valorifica substantele organice. Unul din marii consumatori de moluste este crapul, care le inghite cu cochilie cu tot. In Dunare, hrana de baza a crapului o formeaza coloniile de scoici Dreissena si a melcului branhiat Viviparus. In plus, exista cateva specii de pesti, printre care boarta si un guvid, care isi depun icrele in cochilia scoicilor.
