În vârstă de 28 de ani, Stoian a început fotbalul la Şcoala Gheorghe Popescu. În 2008 a fost transferat de AS Roma, pentru care a evoluat în 28 de meciuri la nivelul echipei Primavera şi într-o singură partidă în Serie A.
El a fost împrumutat, între 2010 şi 2012, la Pescara şi AS Bari, iar în vara lui 2012 a ajuns la Chievo Verona. După un sezon petrecut la Verona, acesta a fost împrumutat, pe rând, la Genoa, Bari şi Crotone, iar cu ultima echipă a semnat un contract definitiv în vara lui 2015.
A adunat 95 de partide în Serie A şi două meciuri pentru echipa naţională a României.
Stoian a fost achziţionat de FCSB în ianuarie, dar a fost dat afară de la echipă de patronul Gigi Becali după numai cinci luni.
