Proiectul noii legi a cultelor este puternic contestat de o serie de minoritati religioase din Transilvania. Cele mai vehemente comunitati contestatare sunt, din motive diferite, neoprotestantii si greco-catolicii.
Din randul bisericilor neoprotestante, cultul cel mai nemultumit este Federatia Bisericilor Evanghelice Autonome. Reprezentantii acestui cult au spus ca noua lege ar ingradi dreptul la libera asociere. Ei sustin ca este anormal ca o asociatie simpla sa poata fii infiintata de trei persoane in timp ce pentru infiintarea unei asociatii religioase este nevoie de cel putin 300 de membrii. Neoprotestantii sustin varianta in care o asociatie religioasa ar putea fi infiintata de 21 de persoane, la fel ca o parohie a unui cult recunoscut. Crearea unei asociatii religioase nu presupune aparitia unui cult nou, fata de care statul isi asuma unele obligatii, cum ar fi salarizarea preotilor ori pastorilor, ci doar recunoasterea juridica a unui ONG care isi asuma reprezentarea unor persoane cu anumite convingeri religioase. Totodata insa, neoprotestantii sustin si regandirea sistemului dupa care sunt acreditate cultele. Teoretic, in acest moment, fiecare cult ar trebui sa reprezinte minimum 0,1 la suta din populatia tarii. Dar exista comunitati, cum ar fi Biserica Apostolica Armeneasca ce nu mai intrunesc aceasta conditie. O alta cerere vizeaza posibilitatea recunoasterii organizatiilor religioase deja create, fara a mai trebui ca ele sa fie reinfiintate in conformitate cu noua lege, pentru a evita birocratia si cheltuielile suplimentare pe care le presupune inregistrarea unor organizatii.
Pe de alta parte, greco-catolicii cer rezolvarea problemei bisericilor confiscate de la statul comunist de la Biserica Romana Unita cu Roma in anul 1948 si care se afla in administrarea Bisericii Ortodoxe Romane. In acest moment, aceste lacasuri de cult sunt exceptate de la retrocedare pentru ca legile privind restituirea se refera doar la bunurile bisericesti nationalizate care se afla in administrarea statului, nu si la cele folosite de un alt cult. Greco-catolicii spun ca au primit inapoi mai putin de cinci la suta din cele 3.000 de biserici si case parohiale confiscate de comunisti in anul 1948, cand Biserica Romana Unita cu Roma a fost desfiintata.
