Primul ordin al ministrului de Finante emis in 2006 s-a referit la nivelul comisioanelor percepute de Trezoreria Statului pentru serviciile prestate clientilor. Astfel, potrivit detaliilor oferite de Directia Generala a Finantelor Publice Constanta, incepand cu data de 1 ianuarie 2006, potrivit OMFP 1/2006, Trezoreria percepe comisioane pentru operatiunile de plati derulate prin intermediul sistemelor de decontare a platilor de mica si mare valoare in relatia cu institutiile de credit, dispuse din trei conturi purtatoare de dobanda: contul 50.69 „Disponibil al operatorilor economici”, contul 50.25 „Disponibil al institutiilor publice ale administratiei centrale finantate integral din venituri proprii” si contul 50.28 „Disponibil al institutiilor publice ale administratiei publice locale finantate integral din venituri proprii”. Nivelul comisioanelor platite de operatorii economici si institutiile publice finantate integral din venituri proprii se situeaza la nivelul comisioanelor platite de Trezoreria Statului catre Banca Nationala a Romaniei. Pentru conturile 50.25 si 50.28 plata se efectueaza de catre institutiile publice in primele cinci zile lucratoare ale lunii curente pentru luna precedenta prestarii serviciilor. In caz contrar, unitatile trezoreriei statului debiteaza direct conturile acestora. Pentru contul 50.69 plata se efectueaza prin debitarea directa a contului, concomitent cu operatiunea de procesare a ordinului de plata. In situatia in care in conturi nu exista disponibilitati suficiente care sa permita debitarea, unitatile Trezoreriei Statului nu vor deconta ordinele de plata respective.
Printre comisioanele practicate se numara, de exemplu, cel pentru eliberarea extraselor de cont, pentru fiecare titular de cont, in valoare de cinci lei pe luna.