Prin acest protocolul, instituţiile semnatare conveneau să coopereze în vederea „realizării unui sistem informaţional corespunzător şi pentru soluţionarea operativă a unor atfel de cauze, prin constituirea unei Unităţi Naţionale Interforţe”, respectiv prin constituirea şi funcţionarea „în mod permanent, la nivel naţional, a Grupului operativ central de combatere a criminalităţii organizate şi corupţiei, denumit Grupul operativ central”.
Astfel, Grupul operativ central era condus de către procurorul şef al Secţiei anticorupţie din Parchetul de pe lângă Curtea Supremă de Justiţie. Tot prin acest document, a fost constituit şi Grupul oprativ teritorial de combatere a criminalităţii organizate şi corupţiei, condus de către procurorul şef al Secţiei anticorupţie, urmărire penală şi criminalistică a Parchetului de pe lângă Curtea de Apel.
Grupul operativ central era format dintr-un reprezentant al Serviciului Independent de Protecţie şi Anticorupţie al Ministerului Justiţiei, patru reprezentanţi ai Ministerului de Interne, un reprezentant al Serviciului Român de Informaţii, un reprezentant al Serviciului de Informaţii Externe şi trei reprezentanţi ai Ministerului de Finanţe.
Grupul operativ central avea trei atribuţii, respectiv concentrarea, analiza, evaluarea şi valoificarea informaţiilor referitoare la criminalitate organizată şi corupţie, realizarea de controale şi verificări de specialitate, în mod independent sau în colective mixte, dar şi efectuarea actelor de urmărire penală, dispuse de procuror, conform competenţelor prevăzute de lege.
„Reprezentanţii Ministerului Justiţiei, Ministerului de Interne, Serviciului Român de Informaţii, Serviciului de Informaţii Externe şi Ministerului Finanţelor vor aduce la cunoştinţa organelor Ministerului Pubic, în scris, datele şi informaţiile ce le deţin, în legătură cu săvârşirea faptelor de criminalitate organizată şi corupţie. La solicitarea procurorului, organele mai sus menţionate vor transmite orice alte date, informaţii, documente şi înscrisuri necesare urmăririi penale în cauzele instrumentate şi vor efectua investigaţii sau verificări cu privire la alte fapte penale ori persoane despre care există indicii că au participat la săvârşirea unor astfel de infracţiuni. În dosarele reţinute pentru instrumentare, Grupul operativ central şi Grupul operativ teritorial vor efectua activităţi de investigaţii, control şi urmărire penală, potrivit competenţelor legale ale autorităţilor semnatare”, se arată în protocol.
Documentul mai prevede ca Ministerul Public să comunice în scris Ministerului de Justiţie, Ministerului de Interne, Serviciului Român de Informaţii, Serviciului de Informaţii Externe şi Ministerului Finanţelor „datele şi informaţiile de interes cu privire la faptele pe care le-au sesizat, rezultate din finalizarea urmăririi penale”.
„Protocolul privind cooperarea între Ministerul Justiţiei, Ministerul Public, Ministerul de Interne, Serviciul Român de Informaţii, Serviciul de Informaţii Externe şi Ministerul Finanţelor în domeniul combaterii criminalităţii organizate şi corupţiei” a fost semnat în decembrie 1998 de către ministrul de Justiţie de atunci, Valeriu Stoica, Procurorul General al României de la acea vreme Mircea Criste, fostul ministru de Interne, Gavril Dejeu, fostul director SRI, Costin Georgescu, directorul SIE de atunci, Cătălin Harnagea şi ministrul Finanţelor de la acea vreme Decebal Traian Remeş.
