Robert Gates a fost investit oficial ca al 22-lea secretar american al Apararii, intr-un moment in care se asteapta modificari de strategie in Irak si in care violentele din aceasta tara au atins cel mai inalt nivel din iunie 2004. In discursul sau inaugural, Robert Gates a declarat ca intentioneaza sa mearga cat mai repede in Irak, pentru a vedea personal situatia si pentru a se consulta cu comandantii militari americani din teren. Prin aceasta, Gates a reusit sa pareze unul dintre principalele reprosuri facute predecesorului sau, Donald Rumsfeld, acuzat ca nu accepta sfaturile comandantilor implicati direct in campanie.
Dar alte afirmatii din discursul sau risca sa-i aduca mai putina simpatie. El a avertizat ca americanii trebuie sa se astepte la o prezenta militara „indelungata” in Irak si ca o retragere precipitata din aceasta tara ar lasa-o intr-un haos ce ar putea sa degenereze intr-un „conflict regional”, implicand Iranul, Siria, tarile sunnite din regiune si Turcia. „Toti dorim sa gasim un mijloc de a-i aduce acasa pe fiii si fiicele Americii. Dar, cum a spus clar presedintele (Bush), nu ne putem permite un esec in Orientul Mijlociu. Un esec in Irak ar marca tara noastra, ar dauna credibilitatii noastre si ar pune americanii in pericol pentru decenii de acum incolo”, a afirmat Gates. Noul secretar al Apararii a facut parte din Comisia Baker, care a propus schimbari de strategie in Irak, si a fost implicat constant in consultarile pe aceasta tema. Presedintele George W. Bush si-a programat discursul in care va anunta modificarile de strategie in Irak in luna ianuarie pentru a-i da timp lui Gates sa isi formuleze concluziile si recomandarile in noua calitate de sef al Pentagonului. „Suntem o natiune in razboi si ma bazez pe secretarul nostru al Apararii sa imi dea cel mai bun sfat posibil si sa ma ajute sa conduc fortele armate ale natiunii noastre in lupta lor impotriva dusmanilor libertatii din intreaga lume”, si-a rezumat presedintele Bush asteptarile. Controversa pe tema celei mai bune cai de urmat in Irak continua, conturandu-se o crestere a efectivelor militare americane, cel putin pe termen scurt. Dincolo de strategia pentru Irak, unii experti si politicieni americani preconizeaza si ca Robert Gates ar putea obtine, pe termen lung, o crestere a efectivelor armatei americane in general, ceruta insistent de comandanti.
