Japonia este formată din peste 3000 de insule mici şi patru insule principale care se întind pe o distanţă mare de la nord la sud şi acoperă mai multe zone climatice. Majoritatea insulelor sunt împădurite şi adăpostesc o diversitate de specii sălbatice de animale, păsări, reptile.
Japonia este împărţită în nouă ecoregiuni forestiere diferite care variază de la păduri subtropicale umede în insulele Ryukyu şi Bonin, la foioase temperate şi păduri mixte în regiunile climatice uşoare din insulele principale, până la pădurile temperate de conifere, în zonele reci din insulele nordice.
Cea mai densă şi spectaculoasă pădure din Japonia este pădurea Aokigahara de pe muntele Fuji.
