Agentia Nationala pentru Pescuit si Acvacultura a preluat managementul fondurilor structurale in ceea ce priveste pescuitul. Dupa aderarea la Uniunea Europeana tara noastra urmeaza sa primeasca in intervalul 2007-2013 fonduri estimate la 211 milioane de euro pentru proiecte ce necesita cofinantare. Fondul European pentru Pescuit este destinat sustinerii sectorului pescuitului comercial si acvaculturii din tarile membre ale Uniunii Europene si el este structurat pe cinci axe prioritare. Acestea se refera la masurile pentru adaptarea flotei de pescuit, investitii la bordul navelor si compensare socioeco-nomica pentru sprijinirea gestionarii flotei, inclusiv instruiri profesionale, procesarea si vanzarea pestelui si a produselor de acvacultura, sustine dezvoltarea durabila a zonelor de pescuit prin finantarea investitiilor pentru intretinerea prosperitatii economice si sociale, mentinerea si dezvoltarea locurilor de munca in sectorul pescaresc etc. Pana la finele anului 2005 Romania trebuie sa elaboreze Planul strategic national si Programul Operational pentru a putea accesa Fondurile Europene pentru Pescuit. Planul strategic national este un document care precizeaza prioritatile si obiectivele in acest sector, avand in vedere orientarile politicii comune a pescuitului. Ca actiuni pregatitoare care sa fie realizate pana in momentul aderarii, Agentia Nationala pentru Pescuit si Acvacultura are in vedere reinnoirea si modernizarea flotei de pescuit, imbunatatirea procesarii si comercializarii produselor pescaresti, dezvoltarea pescuitului in apele interioare concomitent cu protectia resurselor acvatice si intarirea sistemului de monitorizare, control si inspectie.