Radu Stroe s-a aflat in nenumarate randuri in conflict deschis cu presedintele Basescu, fiind unul dintre cei care au pledat pentru reducerea atributiilor prezidentiale in pachetul de legi privind siguranta nationala. Sub ochii ziaristilor, la investirea sa ca secretar general al Guvernului, Stroe a primit de la presedintele Basescu un biletel ce continea stenogramele unei sedinte a CSAT in care au fost discutate legile sigurantei nationale. Razboiul dintre cei doi are insa radacini vechi. Presedintele Basescu a declarat intr-un interviu acordat "Gazetei de Maramures" din 13 martie 2006 ca "Stroe a ramas tot un ofiter al III-lea inapt medical, iar eu am ajuns comandant pe nava-amiral a Romaniei. E un handicap intre un inapt medical si un comandant de nava. Raman complexele tineretii. Eu mi-am umplut manecile cu toate tresele la care imi dadea dreptul calitatea de absolvent al Institutului de Marina." In replica, Stroe a explicat ca Securitatea i-a interzis plecarea din tara. "Nu aveam cum in doi ani sa iau toate tresele, pentru faptul ca Securitatea nu m-a lasat sa navighez mai departe", a spus Stroe. In media s-a mai relatat faptul ca Radu Stroe, activist de partid, responsabil UTC in Ministerul Transporturilor, ar fi propus excluderea lui Basescu dupa ce acesta nu si-ar fi platit luni de zile cotizatia.
