Un studiu efectuat de cercetatorii Institutului National de Cercetare-Dezvoltare Delta Dunarii privind calitatea apei din Delta Dunarii arata ca, desi in ultimii ani parametrii de calitate in bazinele acvatice s-au imbunatatit, exista inca motive de ingrijorare. In conformitate cu Normativul 1146/2 2002, apa pe teritoriul Rezervatiei se incadreaza in categoria a doua, ceea ce inseamna ca exista o concentratie buna de oxigen, dar sunt depasite limitele admise de nutrienti. Sunt depasite concentratiile normale de ioni de amoniu si de fosfor. Cele mai ridicate concentratii au fost descoperite in bazinele acvatice Periprava, Sf. Gheorghe, Sontea si Caraorman. Studiul amintit dezvaluie, de asemenea, existenta unor cantitati destul de mari de metale grele in apele Deltei. Sunt depasite cotele prevazute in normativul citat la cadmiu, plumb si fier. Specialistii pun aceasta situatie pe seama poluarii frecvente a respectivului lac de catre combinatele metalurgice din Tulcea.